南寺由南寺区、詹卯山、原始森林区三部分组成，总面积为3900公顷。南寺地势东高西低，山峦重叠，沟谷狭窄。主峰--巴彦笋布尔位于南端，相对高差1580米。

南寺依山而建，高低参差错落，四面环山，松柏常青，溪流如带，风景十分优美。

寺中珍藏有甘丹赤巴的斗蓬，唐代高僧玄奘的铃钎，六世大来的五佛冠，八世班缠所赐的银壶，章嘉国师制定的寺规，光绪皇帝封迭斯