洪武朝初期，大明依然保留了元朝设立的澎湖巡检司，隶属于晋江县，作为治理台澎的行政机构。

但从洪武元年始，由日本流亡武士、无业浪人和不法奸商组成的倭寇势力，便开始频频入侵东南沿海地带。

洪武一朝，三十一年里，有记录的倭患次数便多达四十八起，小规模的侵略掠夺不计其数。

洪武十七年，太祖高皇帝命汤和整饬海防，在沿海一线新建了五十九座卫所，派兵五万八千余人防守，同时增