想尔集注》中的记载，三清的存在，更在祖天师确立道门神谱庙系之前，是三清之中的道德天尊，令祖天师确立了一部分可为道门供奉的神谱庙系，传尽三山符箓。

至此，你的问题已经可以得到解答。

即三清与神谱庙系的关系应该是——先有三清，后有神谱庙系。

三清，

包含了整个道门神谱庙系。

乃至将目光延伸到整个道门神谱庙系以外，仍难以探知到「三清」的边缘与底蕴。