传说，在遥远的古代，大地上有着名为究极神】的邪神，企图支配人类的究极神】被光之决斗者神官与决斗巫女用红龙】的力量击败并封印。

但在究极神】黑暗瘴气的侵染下，红龙】的力量被分化成了拥有创造之力的光之决斗龙】与代表着毁灭的暗之决斗龙】。

时间流逝，来到了现代，时隔一万年之久的决斗仪式再次开启，决斗龙的持有者们相互争斗，最终的胜者能够向红龙】许下愿望，甚至能够影响未来的发展。