干诸军事，兼理粮饷等，一般是文官来充任。

而在奴儿干总督之下，又是有四大将军辖地，分别是镇守松花江南岸区域的松花江将军，镇守阿速江一直到鲸海大片区域的阿速江将军，镇守鸭绿江以北，原本建州女真部故地，临近朝鲜的建州将军，镇守辽东以北，和朵颜三卫接壤地区的辽北将军。

四大将军辖地各自镇守，相对于奴儿干都司来说，奴儿干总督区毫无疑问军事性更强一些，也更适合和朵颜三卫以及三姓女真的作战