着开启火箭队本部的开关，在指挥部，主角会首次见到火箭队老大坂木，并和他对战。

第四次遇到是在紫苑镇的宝可梦的灵骨塔上，火箭队员们杀害了一只阻止他们偷猎卡拉卡拉的一位卡拉卡拉的母亲嘎啦嘎啦，并在塔顶挟持了想要阻止他们的富士老人。

第五次是和火箭队在关都的最后决战，金黄市遭到了火箭队占领，大街上都是火箭队手下，主角必须消灭所有其它地方的火箭队手下才能进入他们在金黄市的总部西尔佛公司