萨尔瓦多古城曾是殖民地统治时期非洲奴隶贸易的主要中心之一。1558年，第一批非洲奴隶到达这里，并从事甘蔗种植。直到十八世纪中叶，萨尔瓦多的这个港口成为葡萄牙的最主要的贸易中心；这个港口处在非洲、巴西、欧洲三角贸易的通道上。许多欧洲的移民定居在这个城市。

在十七世纪，当葡萄牙还在西班牙统治之下时，萨尔瓦多经常被荷兰人袭击。为了保卫这个城市，建立了许多的堡垒。1625年，这座城市又一