军队是立身安命之本，所以曹亮始终将兵权牢牢地控制在自己的手中，尽管三省六部之中设有兵部，但兵部的权限只是在执行政令，而无军事的指挥权，真正执掌兵权的是三军都督府，三大都督分别执掌三个军团，他们直接接受曹亮的指挥，不受外界任何的干扰。

军政分离是曹亮这次新政的原则，以前的官吏，大多是文武不分的，文官可以担任武职，武官也可以担任文职，许多的官职上面，甚至都会添加一个将军的封号，也甭管