永历三十七年八月二十九日，也就是东宁之战结束后的第十四天，澎湖清军因外援不及，食粮将尽的原因向返回澎湖海域执行封锁任务的童子军投降，此前在诸罗北境的叛乱清军俘虏也已经全部剿灭，至此后世称为澎湖-东宁保卫战的癸亥之役宣告结束。

但台湾的战事消停了，却并不代表战火就此彻底熄灭了，趁着清军主力被歼灭，闽省海防空虚，童子军水师多次出击，不但多次炮击金厦、铜山、南澳等地，甚至还北上定海、海