大明南直隶各州各府虽直隶北京管辖，但却设有两巡抚。

一为驻苏州的应天巡抚，二为驻淮安的凤阳巡抚。

被魏公公嫌弃太老而不要的修吾公李三才便做过凤阳巡抚，而大名鼎鼎的海瑞则做过应天巡抚，全称是“以右佥都御史巡抚应天十府”。

应天巡抚设于江南繁华所在，所管皆是天下最富之地，理论上权势自是显赫。只是，自宣德以后，一般出任凤阳巡抚者多兼漕运总督一职，且凤阳又是中都皇陵所