水的三条认证，也写上了萧如薰的三条认证，双方互相签字确认之后，各自保留一份，这份《大明日本互助友好条约》就正式生效了。

通商三条以及割让三岛之外，还有日本赔偿大明四百万两白银，以及每年石见银山六成产银的交付，石见银山的开采将由大明和日本一起进行，相互监督，确保没有任何一方私吞更多的银两，为此，大明官方人员有进入石见国的权利。

除此之外，石见国的割让和肥前藩的割让废除，日本去帝号