军政建制，在大明全国也是绝无仅有的。而且这两卫的兵力较之普通的卫所要多的多，普通的卫所大约有兵马五千六百人，分成五个千户所。

而三万卫领千户所八个，辽海卫领千户所九个。各设掌印指挥一员，管屯指挥一员，管局指挥一员，经历一员，镇抚一员，仓官一员，库官一员，驿官一员，递运所官一员，掌所印千户八员。可见朝廷对这个地方的重视。

实际上这里的驻军不只两卫，还有一卫兵马，叫做开元中护卫。自