分为第一至第六主要研究所，然后从第七到五十次要研究所，以及更多的外围研究所组成，每一个研究所下都下属多个部门，同时也有多个研究小组，会根据不同任务来安排不同的所，部门，小组来负责。

同时每个研究所也有主要专攻项，第一研究所负责真实系机体研究，第二研究所负责超级系机体研究，第三研究所主要负责战舰，第四研究所则是多元世界研究这样，而次要研究所如果开启重要项目的话，也可以晋升为主要研究所。