学堂从建立的那一天起，就带有极为浓重的官僚色彩，不但是个教学机构，而且还具有半个教育部的职能，是个亦学府亦官府的怪胎。晚清时期，这种怪胎也出现的多了，比如北洋就有半个外交部的职能。

民国之后，京师大学堂正式更名为燕京大学，首任校长是著名学者严复，民国三年，留曰学者何燏时担任北大校长，因为和袁世凯不和，遂萌生退意，由另一位留曰学者胡仁源代理北大校长之职。

胡仁源本是满清旧官僚，江