，林时泰自感大西军已无前途，便向清英亲王阿济格投降，阿济格委他为保宁总兵官。数年后，林时泰听闻大西军余部在孙可望、李定国的领导下联明抗清，遂在潼川反清归明，孙可望念在昔日情份上令他率本部兵驻守成都。

林时泰再次降清后，吴三桂认为此人反复无常、当年其归明时清廷又下过明旨要缉捕于他，故而下令将林时泰斩首示众，其亲信部众1650人尽被坑杀。

清军占领成都以后，吴三桂坐镇该城，由李国翰