扫平这些由土司和清军散兵、土匪结合的反明军力量后，周士相意在湘西推行改土归流，重新规划行政区域，日后在其他地方推行。同时由军帅府行文各处官府，日后不再称土人（各少族），对来投者称新汉民，数年之后不再以新旧区别，统一视为汉人。未投者称匪，不再以土官相称。

周士相又命各官府务将靖寇当作当前官府的首要任务，要组织民众支援配合太平军在各地平寇。同时要加以统计辖境可耕种土地田亩数，对占地过多地主大