南海的海盗目光，使得广东水师不得不将重心转向对海盗的围剿任务中。经过一系列的围剿，猖獗的海盗活动得到有效遏制，但却不能彻底根治，这主要是因为海盗的窝点在茫茫大海中难以发现，二来是海盗改变了策略，不再袭击太平军的运粮船只，而是专门袭击没有兵船押送的贸易船只，得手之后便立即潜逃。往往等到船商报讯被劫时，海盗早已无影无踪。

广东水师的主力都已编入远征军，留下的船只只能执行近海作战任务，故远征军