是蓝星联合体给的一个学术名词，它也是第三模式里特有的阶段，分为两个部分，菌类群落和寄生藤蔓，其中寄生藤蔓会杀死并取代树木，菌类群落则依托这些寄生藤蔓蔓延。

初巢阶段是虫群变异效率最高的阶段，通过分离成动物、菌类、植物三个群落，最大限度榨取本地生态圈里存在的优质基因，这些优质基因现阶段大部分还用不到，用特殊的晶粒细胞将其储存在初巢里。

部分虫群会在该阶段开始向地下蔓延，不过眼前的