三府六院经过这么多天的审讯终于给杨琏真迦定下谋逆的大罪，按理说，这真要诛灭九族全家抄斩的，可是偏偏大汗又出台个新政策，宣布赦免其罪，可是禁止出城。但是抄家和免职却是少不了的。这就是所谓的帝王术，毕竟在蒙元人眼里，他曾经是国师，这样处置既留下个帝王宽宏大度又断了杨琏真迦再次死灰复燃的可能。

同时还撤消护国寺的称号，把喇嘛庙搬到城外，原来的护国寺改造成中书省和军政省这样的一文一武两个权力