到了新登基的崇祯皇帝的中旨，回京述职的；对于先帝的驾崩，毛文龙从登上回天津的船就一直闷闷不乐，毕竟先帝对他也是有恩的。

先帝曾下诏书给毛文龙，肯定了东江镇的作用。道“惟赖尔文武大帅，殚力竭忠，设奇制胜，扫清夷氛，用雪国耻。匪颁厚赏，何励纯忠？尔提孤军，驻穷岛，将兵时出，奇捷屡闻，使逆酋狼顾未遂鸱张，已三年矣。惟尔之庸，朕实嘉尚！”。

足见天启皇帝对他的器重，大概是对先帝的敬重，