在大木博士的心中一直有一个秘密。曾经他在成都地区旅行的时候，遭遇了一场跨越时空的旅行。在那次旅行中，他因为保护被猎人追捕的时拉比，而穿越到四十年后的时间。（穿越四十年为神奇宝贝百科数据）

在四十年后的世界里，他因为保护时拉比与当时的小智一行人同行，在旅途的过程中成为了非常要好的朋友。而在那段旅途的最后，大木博士与时拉比最终共同回到了四十年前的世界。而与小智的友谊也告一段落。