泰坦世界。

自从基多拉冲入地底世界，吞噬了半株生命之树，金刚一族因为看守不利，被众泰坦巨兽驱逐到骷髅岛。

地球的时间已经过去了五百年。

在这期间，因为生命之树的凋零，地球辐射能量浓度大幅下降，泰坦巨兽的生存环境受到严重影响。

为了恢复生态环境，泰坦巨兽们冒险冲入太平洋海底虫洞，冲入先驱者文明的母星“ateverse”，想要反掠夺其母星的生命之树。