原都指挥使司专一管理卫所武装，归口兵部，另设军区都督负责禁军指挥和调动，归口五军都督府。

兵部职分司因此也分成两部分，一部留在兵部，陈椟升任员外郎。另一部去了五军都督府成立军情局，审杰做主事。

另一个重要变动是沈柚到五军都督府担任后军都督佥事，负责边军整训。原辽军第二军军长，孙总兵的爱徒佟宝瑞接任陕西军区都督。

「江北各布政司都已经开始调整按局、司、处、科的级别