以荐参修《蒙元正史》，授翰林院国史编修官，受命教授诸王，擢户部右侍郎。

高琦才华高逸，学问渊博，能文，尤精于诗，与刘基、宋廉并称“诗文三大家”，又与杨基、张羽、徐贲被誉为“吴中四杰”。

早些年，苏州知府在张诚宫址改修府治，获罪。

高琦上奏被牵连，甚至还被人诬告谋逆，好在有人保他，要不然，高琦就死了。

这些年，高琦一直在青丘隐居，以教书治田自给，不问世事。