重要的是八月初一，同盟会在南京正式成立了中华民国临时政府，孙玟就职临时大总统，但孙玟在大总统就职仪式上当众宣布他将把大总统之位交给让清廷退位之人，此言一出当即引起轩然大波。

但孙玟在接下来的日子里一改之前的态度，声称皇帝若不退位，将取消停战，一战到底！并且开始着手起草《临时约法》约束将来的大总统。

面对同盟会内部的质疑，孙玟写下一封言辞恳切的通信：

“文深知诸位同志对