千户级别，各所下辖十司。而镇抚司则介于百户与千户之间，不过这个部门比较特殊，不能相提并论。

太祖高皇帝朱元璋设置锦衣卫的时候，只有一个镇抚司。后来朱棣打下江山，增加了北镇抚司，锦衣卫的镇抚司分为南北镇府司。

其中南镇抚司负责锦衣卫内部的军纪刑罚、军匠档案管理等，管的是自己人；而北镇抚司负责百官的监察、抓捕、用刑，遇到不爽的人直接给斩了，执行的基本都是特殊任务，管的是外面的人。