大部分的琐碎任务都是由火影直接交待部队长，再由部队长发配给中队、小队。四个部队人员配置也稍有不同，以卡卡西的部队为例，这个部队以中近距离战斗、刺杀、潜行、埋伏等等人员为主。特殊暗部人员像是八生、蓝巳是直属於一位叫做飞雄马的部队长。火影得直接调配单一暗部人员，或直接对任何一个层级发配任务、命令。

自从卡卡西上任部队长，便很少出村。暗部的工作不分日夜，火影大楼有一间部队长办公室，卡卡