卫陆军，以及两万甘肃镇边军，守原陕西行都司、临洮府和部分陕西镇，治兰州。

都督同知孙承宗则坐镇西安府，继续训练六万多新军，逐步从退居二线面临被裁撤的边军中挑选可用人员补充，最终将新军扩充到十万，做为陆军的预备役。

从具体领军人员安排上，皇帝还是充分考虑了北方几个军武世家的利益，主官基本都是由其后代充任，再辅以经验丰富的参谋人员，大大消除了在军制改革时可能