开篇的直升机编队大战无齿翼龙剧情来自于《侏罗纪公园》第一部结尾埋下的伏笔，历经磨难的主角们乘坐直升机离开时，由于恐龙岛上的基础设施严重损坏，一群无齿翼龙逃脱牢笼，飞往岛外的世界。续集的时间线与现实并行，设置在恐龙岛事件三年之后。

三年时间，这些在现代社会天空中完全没有天敌的远古生物迅速繁衍，并且引起越来越多的注意，世界各地都出现诸如各种水怪传说一样的奇闻报道。

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