琼州军重新整编，军中事务繁多，马仲英也忙的够呛，自整编开始后，就把广州的政务交给了金光祖，自己则带着内卫进驻了军营。

琼州军自组建初期，马仲英便格外重视军功和等级晋升制度，表现优越的士卒能得到晋升，甚至能做到队官，队副的位置，若是再有军功，便能升为军中营副，协助各营营官管理一营军马。

这次琼州军拿下广州，一共收编了近一万五千军，虽说新入军的平南军和宁夏降兵都是打了八年仗