两种总督在官衔上的区别很大。

边疆总督一般都加有都察院右都御史衔，而内地总督则多加兵部侍郎，或者尚书衔。

将军府和总督府的区别在于，将军府下面有设布政使，学政等官，可以说是加强版的巡抚；而总督府是军政一把抓，只有六厅理政，属于佐贰官，权力更为集中。

将军可以应急指挥军队，镇压叛乱，对于底下的官员具有监察权，但没有任免权。

在独立上，则是总