边疆地区的控制，主要是依靠卫所军户。将大量的军户，从内地迁徙过来，充实当地的人口。在明朝中前期的时候，这样的政策，还有一点效果。但是到了后期，就完蛋了。

和内地的很多卫所一样，陕西行都司的主要卫所，如甘州卫、肃州卫、永昌卫、凉州卫、西宁卫等，军户逃亡的情况，都十分的严重。特别是最西边的肃州卫，几乎已经是荡然无存。明军原本插在嘉峪关上的军旗，都已经消失了上百年了。

特别是在万历中