大明和荷属印尼殖民当局达成一致之后，来自大明的商船，开始将巴达维亚的华人接走。尽管荷属印尼当局十分的不甘愿，但也不敢阻挠。在巴达维亚湾，海军东海舰队的12艘战舰一直停留在那里，保证荷属印尼殖民当局不会对撤侨行动构成干扰。

荷属印尼殖民当局没有力量对大明构成威胁。在海军的武力逼迫下，只能答应条件。当然，荷属殖民总督对此也非常的不甘心，一方面派人赶回国内，寻求支援。另外一