成为葡萄牙另外一支劲旅波尔图的主教练，帮助球队从前半赛季的糟糕状态中走出来，并最终获得了联赛第三。

2003年，穆里尼奥执教一支球队以来第一个完整赛季，他率领球队一口气拿下了联赛、杯赛和联盟杯赛三个冠军，成了三冠王。

2004年，这是穆里尼奥教练生涯中大放异彩的一年，他不仅帮助球队捍卫了联赛冠军的荣誉，而且杀入欧洲冠军杯决赛，三球完胜摩纳哥，率队等上了欧洲之巅。

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