百年后，蒙古灭金，传国玉玺便落在了元朝手中。不过这个时候，成吉思汗已经死在西夏了，灭金的人是他的儿子窝阔台和拖雷。

大元孛儿只斤氏和女真一样，都不是很看重玉玺的正朔意义，他们有自己信仰的长生天。

窝阔台死后，拖雷的长子蒙哥继任汗位，窝阔台的儿子贵由远走中亚，去往了他曾经跟随拔都西征过的地方，那里有他爷爷铁木真当年分