中郎将、梁州刺史等职,镇守襄阳。 太元三年前秦攻打襄阳,朱序率军固守。 太元四年前秦攻克襄阳,朱序诈降,苻坚以为度支尚书。 太元八年淝水之战中,朱序暗助晋军,大败前秦,投归东晋,历任龙骧将军、琅邪内史、豫州刺史等,屯兵洛阳。 太元十一年,朱序派兵讨伐叛晋的丁零首领翟辽,历任兖青二州刺史、都督司雍梁秦四州军事、雍州刺史等。 太元十五年击败翟辽,大败西