暖阁是朱慈烺办公、批阅奏章和召开两府小朝会的地方。而西暖阁则是朱慈烺处理军务机要的所在，一天十二个时辰都有大元帅府参谋司的参军在那里值班——参谋司大元帅府下的一个衙署，在朱慈烺登基后，抚军大元帅就进行了一番改组，曾经由朱慈烺担任的大元帅一职将会长久出缺，同时设立了大元帅府左右军师这两个职位，主持大元帅府的日常工作。

左右军师之下，则是参谋司、军学司、海军司、右通政司、武卫司等五司，以及锦