衣卫、上直卫等两卫。

其中参谋司类似后世的总参谋部，长官称参谋司使，由左右军师中的一人兼任，现任的参谋司使就是右军师吴国勇。

军学司顾名思义是管理军事教育的，长官称军学司使，同样由左右军师中的一人兼任，现任的军学司使是左军师李岩。

海军司是管海军（水军）的，海军司使是黄斌卿，目前归其管辖的仍旧只有长江水师......真正的海军可不是说建就能建起来的，必须有一个积累水手