直属于天皇分管军令大权的陆军参谋部，海军也分出相应的军令机关。军令大权被分立出来，只将军政大权归属于内阁。

1889年颁布的《大日本帝国宪法》又以法律的形式确立了这种变化的新的军政关系。宪法规定，天皇总揽统帅权，并赋予军令长官“帷幄上奏权”，即凡有关军令事项，可以不经过内阁直接上奏天皇，由天皇裁决。这就是战前日本盛行的“统帅独立原则”。

从法律角度来说，只有天皇能够管辖军部，但