弘治二年（1489）二月二十七日，朱佑樘擢左都御史马文升为兵部尚书，并命其兼督十二团营。马文升进行第二次换汤不换药的改革，当时西北鞑靼诸部落不时扰边，而明朝之兵政废弛，战斗力虚弱。马文升严核诸将，黜贪懦者三十余人，又请于团营内选马步锐卒二千人，遇警征调，且遵洪武、永乐年间之制，五日一操，以二日走阵下营，三日演武。其实还是延用了洪武时期的兵卫制。

直到弘治七年（1494