前往天主教势力更为强大的九州。

后来秀吉突然发布了传教士必须在日之内离开日本的著名的《伴天连追放令》。在发出伴天连追放令的第二天，秀吉就命令将长崎、浦上统统没收，成为秀吉的直辖地，并禁立十字架，对长崎的町民课以重税。

丰臣秀吉禁教除了害怕宗教对其统治的威胁外，还有个人的原因。他曾经试图纳一名信仰天主教的女子为妾但遭到拒绝，这名女子的理由是这与天主教所提倡的一夫一妻制是相抵触的。