传教士们，纷纷觐见秀吉，与其交好。1586年耶稣会传教士弗洛伊斯随同副教区长伽斯帕尔柯厄略巡视各地，并前往大阪谒见丰臣秀吉并赠送了大量礼物，同时也表达了对秀吉的敬意，也取得了秀吉对天主教在日本传播的支持。

但好景不长，在丰臣秀吉讨伐九州期间，看到天主教在九州大名和民众中的强烈影响，感到不安，深恐产生一向宗那样的号召力，就立即毫无征兆的颁布了著名的“传教士追放令”，佛洛伊斯等人被迫离开京都